Circus Helsingin tarina alkoi, kun moskovalainen sirkusopettaja Aino Heikkinen opetti Helsingin Itäkeskuksessa ja Töölön Kisahallissa pientä nuorisoryhmää. Yksi oppilaista oli Circus Helsingin perustajan ja toiminnanjohtajan Martina Linderin tytär Corinne. Näin juristina tuolloin työskennellyt Martina tutustui Ainon sirkusryhmän kiehtovaan sirkusmaailmaan. Ainon ryhmä harjoitteli perinteiseen venäläiseen tyyliin ja tekniset tavoitteet olivat korkeat.
Myöhemmin Aino Heikkisen ryhmä siirtyi harjoittelemaan Suvelan sirkukseen, missä ryhmä pääsi tutustumaan modernimpaan sirkustyyliin. Suvelan sirkuksen muututtua Espoon esittävän taiteen kouluksi ESKO:ksi tämä useita kertoja viikossa harjoitteleva esiintyvä ryhmä ei enää sopinut kuvioon ja ryhmälle oli perustettava oma sirkuskoulu. Näin sai alkunsa Circus Helsinki, joka perustettiin Rikhardinkadun kirjastossa vuonna 2001, alun perin nimellä Young Circus.
Sirkuskoulun perustamishetkellä oppilaita oli seitsemän. Viiden oppilaan äidinkieli oli venäjä, yhden ruotsi ja yhden saksa. Melko pian perustamisen jälkeen ryhmään liittyi neljä oppilasta lisää ja näin koulu sai ensimmäiset suomenkieliset oppilaansa. Sirkusopettaja Tatiana Litonius oli ryhmälle iso tuki ja hän opetti ryhmää vapaaehtoisesti aina kun hän ehti. Muutoin ryhmä harjoitteli itsenäisesti. Martina ohjasi esitykset yhdessä ryhmän kanssa. Heti ensimmäisenä kokonaisena toimintavuotena 2002 Young Circus osallistui Suomen nuorisosirkusfestivaalille Tampereella voittaen useita palkintoja.
Vaikka festivaaleilla meni hyvin, ryhmän arkielämä ei ollut helppoa. Ryhmällä ei ollut rahaa, välineitä, säännöllistä opettaja eikä hyvää harjoitustilaa. Yhdistykset kun eivät voi saada taloudellista avustusta kolmen ensimmäisen toimintavuotensa aikana. Harjoitustila saatiin lopulta kulttuurikeskus Caisan tietokonevarastosta. Myöhemmin harjoiteltiin Pukinmäen sirkuskoulun pienellä lavalla. Vuonna 2003 saatiin kaksi harjoitusvuoroa Steinerkoulusta, jonka lisäksi vuokrattiin kerran viikossa Kisahallin permantoalue ja kerran viikossa sirkuskoulu Woltin tila Lauttasaaressa. Harjoitteluaikaa oli tällöin riittävästi, mutta sirkusvälineiden siirtäminen paikasta toiseen oli hankalaa.
Vuonna 2003 perustettiin koulun ensimmäiset alkeisryhmät. Suurin osa uusista oppilaista tuli Helsingin Steiner-koululta. Keväällä 2004 koulu oli taas pulassa tilojen kanssa, sillä kesä lähestyi ja kaikki käytössä olleet harjoitustilat suljettaisiin kesäksi. Esityksiä ja harjoituksia oli kesälläkin, joten tilan löytäminen oli tärkeää. Tällöin Martina sattui lukemaan Helsingin sanomista Helsingin käsinseisojat -yhdistyksestä, jonka perustaja ja puheenjohtaja oli Osmo Tammisalo. Hän lupasi harjoittelutilaa pienestä akrobatianurkkauksesta Kisahallissa.
Young Circus sai luvan rakentaa myös ison säilytyskaapin esitysvälineille, vaikka pienestä akrobatiatilasta tuli näin entistäkin pienempi. Osmo oli Kisahallissa niin usein ja antoi treenivinkkejä kaikille halukkaille että Kisahallin vahtimestarit päästivät hänet ilmaiseksi sisään ja Osmo kulki siellä kun kotonaan. Hän oli myös alkanut kiinnostua pariakrobatiasta ja sai nyt hyvän mahdollisuuden treenata Young Circus koulun innokkaiden oppilaiden kanssa. Pikkuhiljaa hän alkoi harjoitella Kristiina Janhusen kanssa, eikä kestänyt kauan ennen kun heistä tuli ”oikea pari”.
Osmo ja Kristiina alkoivat opettaa yhä enemmän ja he tulivat mukaan koulun hallitukseen ja Kristiinasta tuli myös koulun ensimmäinen rehtori v. 2006. Vuonna 2016 he saivat esikoisensa ja sirkusprinsessan nimenantojuhlat pidettiin luonnollisesti Circus Helsingin tiloissa.
Vuonna 2004 tehtiin koulun ensimmäiset pitkät esityskokonaisuudet. Ensimmäinen oli 45 minuuttia pitkä The Magic Box. Samana vuonna tehtiin esityskokonaisuus sirkusfestivaaleja varten. Puolen tunnin pituinen Super Lilli -esitys voitti festivaaleilla ykköspalkinnon. Vuodesta 2004 lähtien alettiin tehdä uusia kokonaisuuksia esiintyvälle ryhmälle vuosittain.
Koulu vaihtoi nimeä ja muuttui Circus Helsingiksi, saaden myös Kristiinan suunnitteleman uuden logon. Merkittävä tapahtuma oli vuonna 2005, kun Opetusministeriö nimesi Circus Helsingin esiintyvän ryhmän Suomen Nuori Kulttuuri -lähettilääksi. Kulttuurilähettiläänä toimiminen toi hyviä mahdollisuuksia esiintyä ja edustaa suomalaista nuorisokulttuuria ulkomailla. Ryhmä on siitä lähtien voittanut useita kansainvälisiä palkintoja.
Kesällä 2006 tehtiin vuokrasopimus VR:n kanssa Vallilan konepaja-alueen tilasta Aleksis Kiven kadulla. Circus Helsinki sai vihdoin oman tilansa. Elokuussa alkoi valtava talkootyö, kun tila kunnostettiin syksyn harjoituksia varten. Kyseisenä vuonna hankittiin Circus Helsingille myös oma pakettiauto. Koulun viisivuotisjuhlanäytös pidettiin Kaisaniemen puistossa, ja Helsingin sirkusammattilaiset ry aloitti Open Stage -iltojen perinteen Circus Helsingillä. Myöhemmin Circus Helsinki on jatkanut tätä perinnettä. Nykyään CH:lla on vähintään kaksi Open Stage iltaa vuodessa; yksi ystävänpäivänä ja yksi Halloween päivänä.
Myös vuoden 2007 tapahtumat olivat merkittäviä. Tällöin tehtiin kahden vuoden sponsorisopimus Fazerin kanssa. Näin pystyttiin maksamaan uuden tilan vuokrakulut. Samana vuonna Tuula Anttila alkoi hoitaa Circus Helsingin toimistoasioita. Vuonna 2007 Circus Helsinki osallistui myös Berliinin Nuori Kulttuuri -sirkusfestivaalille, josta voitettiin paljon palkintoja. Festivaalin tärkein anti oli kuitenkin se, että siellä tavattiin pietarilainen Upsala-niminen sosiaalisen sirkuksen nuorisosirkusryhmä. Tästä ryhmästä tuli ystäväsirkus, jonka kanssa Circus Helsinki on järjestänyt tapaamisia ja esityksiä vuosittain.
Syksyllä 2007 Circus Helsinki sai luvan taiteen perusopetuksen laajan oppimäärän antamiseen. Pian sen jälkeen tehtiin hakemus taiteen perusopetuksen valtiontuen piiriin pääsemiseksi. Valtiontuen piiriin pääseminen tarkoittaa käytännössä sitä, että koulu saa säännöllistä opetustukea. Hakemusta ei alun perin hyväksytty, joten päätöksestä valitettiin korkeimpaan hallinto-oikeuteen. Valitusprosessi oli vaiherikas, mutta lopputuloksena Circus Helsinki pääsi valtiontuen piirin uuden hakukierroksen yhteydessä vuodesta 2009 alkaen. Valtiontuen piiriin pääseminen mahdollisti kokopäiväisen rehtorin Kristiina Janhusen palkkaamisen sekä opettajien palkkojen nostamisen.
Toukokuussa 2009 Helsingin paloviranomaiset ilmoittivat Circus Helsingille ja vuokranantajalle, ettei harjoitushallia ole rekisteröity kokoontumistilaksi vaan varastotilaksi, eikä se täten täytä paloviranomaisten vaatimuksia. Circus Helsinki joutui hakemaan vuokranantajan suostumuksella muutosta tilan käyttötarkoitukseen Helsingin rakennusvalvonnalta. Rakennusvalvontavirasto hyväksyi hakemuksen muutoksen ja tilaan myönnettiin syyskuussa tilapäinen viiden vuoden käyttötarkoituksen muutos sirkuskoulun harjoitus- ja esiintymissalina. Lupahakemuksen yhteydessä Circus Helsinki teki tilaan ison remontin vain yhdessä kuukaudessa, remontoiden mm. 50 m x 10 m seinätilaa. Jännitys oli suuri, että tila saataisiin kuntoon ennen kauden alkamista. Onneksi virolainen työryhmä teki mielellään pitkiä työpäiviä ja tila saatiin valmiiksi muutama päivä ennen opetuksen alkamista.
Suuri oppilaskysyntä loi Circus Helsingin toiminnalle paineita laajentua. Syyskaudella perusparannettiin ja otettiin käyttöön samassa rakennuksessa oleva uusi 280 neliömetrin harjoitustila. Uuteen tilaan teetettiin myös nuora- ja ilma-akrobatiapisteitä. Syyskaudella pidettiin myös ensimmäiset trampoliinitunnit. Äskettäin valmistunut kasvatustieteiden maisteri ja silloin capoieraa ja voimistelua harrastanut Mikko Rinnevuori aloitti Circus Helsingin rehtorina vuonna 2010.
Vuonna 2011 Circus Helsinki aloitti yhteistyön Helsingin kaupungin liikuntaviraston kanssa sosiaalisen sirkuksen hankkeen muodossa. Niin kutsutuissa Koulusirkus -ryhmissä on tästä alkaen järjestetty hauskaa ja liikunnallista iltapäivätoimintaa koululaisille. Samaan aikaan etsittiin aktiivisesti uutta harjoitustilaa, sillä Vallilassa epävarmuutta toivat rakennuksen huonon kunnon ja toistuvien vesivahinkojen lisäksi vuokrasuhteen epävarmuus ja lyhyt irtisanomisaika.
Vuonna 2012 Kiinteistö Oy Kaapelitalon Stuba Nikula ja Circus Helsingin Martina Linder neuvottelivat Suvilahden alueella olevan vanhan turbiinisalin vuokraamisesta. Tilaa varten tehtiin perusteelliset suunnittelu- ja hankintatyöt. Rehtori Mikko Rinnevuori ja koulun opettaja ja arkkitehtiopiskelija Laura Tuorila vastasivat uuden tilan suunnittelutyöstä. Tila remontoitiin ja varustettiin sirkusharjoittelua ja -esityksiä varten. Urakka oli vaativa mutta palkitseva. Muutto Suvilahteen helmikuussa 2013 oli iso käännekohta. Circus Helsinki sai turvallisen kodin ja hyvin varustellun sirkustilan.
Suvilahti on erinomainen myös alueena. Siellä on muuta sirkus- ja kulttuuritoimintaa ja lisäksi kulkuyhteydet uuteen tilaan ovat selvästi paremmat. Suvilahteen muuton jälkeen on toimintaa pystytty kehittämään ja monipuolistamaan esimerkiksi erilaisilla sirkuslajikursseilla. Koululla on nyt neljä kokopäivätyöntekijää ja kaksi puolipäivätyöntekijää sekä noin 30 sirkusopettajaa ja noin 1000 oppilasta.
Circus Helsinki on viidessätoista vuodessa kasvanut seitsemän oppilaan ryhmästä Pohjoismaiden suurimmaksi sirkuskouluksi. Vaikka matkan varrella on tapahtunut paljon, on koulun henki silti pysynyt samana. Sirkuksen ilo ja suvaitsevaisuus, kannustava ilmapiiri sekä tavoitteiden asettaminen korkealle ovat edelleenkin Circus Helsingin toiminnan peruspilareita.